A metodologia é baseada em três eixos principais: Gestão, Educação e Produção do Conhecimento. O Eixo de Gestão foca na elaboração de um "Projeto de Interferência", destinado a qualificar a gestão das redes de atenção à saúde em pequenos municípios. Para tal, são aplicadas cinco etapas: leitura do contexto regional, identificação de projetos locais, seleção de sinergias e formulação de estratégias de qualificação e monitoramento. Esse processo inclui a integração dos serviços regionais, respeitando as necessidades e as dinâmicas dos territórios. No Eixo de Educação, a metodologia abrange ciclos formativos para gestores e profissionais de saúde dos municípios participantes. São organizadas oficinas de imersão e períodos de dispersão, onde os participantes realizam diagnósticos e desenvolvem propostas práticas para fortalecer a gestão e a organização da rede. Este eixo inclui duas fases principais: o Ciclo Conhecer, com enfoque em modelos e conceitos de atenção à saúde; e o Ciclo Priorizar, onde os gestores focam nas prioridades identificadas para alinhá-las aos planejamentos regionais. Por fim, o Eixo Produção do Conhecimento objetiva a sistematização e disseminação das experiências acumuladas, resultando em publicações e seminários. Este eixo permite que as práticas e os conhecimentos obtidos nas regiões sejam documentados e compartilhados, proporcionando o aprendizado coletivo. O projeto também conta com um sistema de monitoramento e avaliação, tendendo a identificação de mudanças e a geração de dados sobre a eficácia das estratégias implementadas em cada região. A metodologia do projeto é flexível e adaptável às particularidades de cada região, priorizando a participação ativa dos gestores e profissionais locais. Através de oficinas, diagnósticos e planos de ação, o projeto empenha-se a identificar as necessidades específicas de cada região e desenvolver estratégias para melhorar a organização e a coordenação dos serviços de saúde. O conteúdo do Plano de Trabalho e o valor total referem-se à primeira versão do projeto aprovada no ato do extrato disponível em tela do Diário Oficial da União (DOU), admitindo-se atualizações posteriores.